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Plateau technique Xylomic : Génomique et phénotypage des arbres
FôretArbreBois

Génotypage

Le génotypage permet de déterminer l'identité d'une variation génétique, à une position spécifique sur tout ou partie du génome pour un individu ou un groupe d'individus donné appartenant à une espèce animale ou végétale. Pour déterminer ces variations, qu'il s'agisse d'une simple base (SNP), de microsatellites ou bien d'insertions/délétions (in/del), plusieurs approches technologiques sont disponibles.


La plateforme Génome Transcriptome du plateau Xylomic propose plusieurs technologies de génotypage à choisir selon le format des projets :

  • Microsatellites

Analyse en simplex ou multiplex de microsatellites marqués (FAM,PET,VIC ou NED) sur séquenceur ABI 3730,

Sur demande, il est possible de mettre au point des kits multiplex spécifiques de différentes espèces (nous consulter).

  • SNP

Sequenom : permet le génotypage de 1 à 40 SNP par échantillon sur des populations de 384 individus ou plus,

Génotypage par hybridation de sondes type Taqman ou Kaspar sur LC480 Roche,

Génotypage par HRM sur LC 480,

Génotypage par séquençage sur séquenceur 48 capillaires ABI 3730 ou séquenceur Next Gen (PGM, Proton).



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