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Plateau technique Xylomic : Génomique et phénotypage des arbres
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Séquençage long-reads MinION

Séquençage long-reads MinION

Si l’apparition du séquençage NGS « short reads » (50 à 400 bases) au milieu des années 2000 a complètement révolutionné la génomique et ses multiples applications, le développement du séquençage « long reads » (2 à plus de 100 kbases) représente un nouveau « saut quantique » dans notre capacité à déchiffrer les génomes. En effet, ces longues lectures permettent d’obtenir des qualités d’assemblage sans précédent et de résoudre des ambiguïtés sur des zones répétées, pratiquement insolubles avec des lectures courtes.

Dans ce contexte, la Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux développe activement ce séquençage de 3ème génération. Ainsi, le premier run de séquençage long-reads sur MinION (Oxford Nanopore Technologies) a été réalisé à la plateforme en avril, dans le cadre d’un projet pilote sur le séquençage de levures de fermentation pour le vin, en collaboration avec l’ISVV de Bordeaux. Près d’un million de lectures ont été obtenues, d’une taille moyenne de 6 kbases et avec certains fragments atteignant les 60 kbases! Ces premiers résultats très prometteurs laissent entrevoir de nombreuses possibilités et applications pour cette technologie révolutionnaire.



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